Esta ocupación comenzó en 1861 en la región de la Araucanía, enfrentándose mapuches liderado por el lonco Quilapán, contra el estado chileno liderado por el general Cornelio Saavedra y don Gregorio Urrutia.
El que inicia la ocupación de la Araucanía es el presidente José Joaquín Pérez Mascayano en 1861, esto comprende los territorios ubicados entre el rio Biobío por el norte y Toltén por el sur. Fue un proceso de avance militar y transformación cultural de los territorios Mapuches dependientes por parte del estado chileno. El territorio araucano se había mantenido rebelde a partir de la denominada guerra de Arauco ante el dominio español durante la conquista de Chile y todo el periodo colonial del país, sin que ningún bando venciera claramente. Luego de la independencia de Chile se celebro un parlamento general con los mapuches, con el fin de determinar el estatuto que regularía las relaciones entre la naciente república y el pueblo chileno.
El gobierno del país, adquiere la decisión de ocupar realmente la Araucanía cuando aparece en la zona en el año1861, el francés Orélie Antoine de Tounens, quien intenta crear el Reino de la Araucanía y la Patagonia, de esta forma se decide aplicar el plan propuesto por el general Saavedra que incluye la penetración pacífica de los territorios, se busca fundar ciudades, construir obras publicas tales como caminos, telégrafos y crear escuelas y hospitales. Las tierras incorporadas serían traspasadas a colonos sin ningún costo para fomentar la ocupación de la zona y desarrollar la producción de trigo.
Los mapuches aprovecharon que las fuerzas del ejército de chile estaban concentradas en otro conflicto como fue la guerra del pacifico para lanzar nuevos ataques y tratar de disminuir en cantidades a sus enemigos, pero los chilenos se recuperaron en poco tiempo y retomaron vigorosamente la campaña de la incorporación de la Araucanía.
Indígenas sufrieron bajas significativas en sus tropas tras violentos conflictos en donde se vieron derrotados, algunos pueblos como eran los Pehuenches y otros pueblos de la Araucanía fueron sometidos totalmente por el estado chileno sin mayor resistencia.
Finalmente se contempló la ocupación total de la Araucanía y su consolidación, y con ello la unión efectiva del territorio Chileno. De este modo el gobierno del país llevo a cabo uno de sus principales proyectos de estado que era anhelado desde la época de los Españoles, quienes en el periodo colonial no lograron instalarse en la Araucanía.
Después de la derrota de los Mapuches, estos fueron reducidos y separados unas de otras por áreas ocupadas por inmigrantes chilenos y europeos. En los territorios ocupados se les entregaron tierras a colonos chilenos y europeos, principalmente españoles, alemanes, franceses, italianos, ingleses, suizos y del resto de Europa.
Campesinos y mapuches se rebelaron en contra de estos, considerando abusos por parte de los colonos al invadir sus tierras, algunos de ellos que protestaban fueron acecinados en la llamada Masacre de Ránquil y otros fueron hechos prisioneros. Así termina la invasión total de las tierras de los indígenas algunas perdidas por ellos mismos y otras por batallas ganadas por los chilenos y en las cuales se lograron fundar ciudades y construir lo que hoy en día conocemos.
